La publicación de la resolución iniciando el expediente de declaración de interés cultural del Valle de los Caídos implicaría una protección integral del lugar, impidiendo cualquier tipo de obra que implique reforma o resignificación del mismo. Esto es importante porque el gobierno busca resignificar el lugar, lo que podría incluir la eliminación de símbolos religiosos o escudos. Actualmente, el conjunto monumental del Valle de los Caídos no cuenta con protección más allá del entorno del Escorial, lo que permite realizar obras que modifiquen aspectos del lugar. Sin embargo, si se declara bien de interés cultural, no se puede alterar ni una sola piedra del Valle de los Caídos. Esto está fuera de las competencias de la Iglesia, a pesar de que el lugar es una basílica pontificia, ya que la inviolabilidad de los lugares de culto está garantizada por el tratado entre España y la Santa Sede. Las administraciones que pueden proteger el Valle de los Caídos son la Iglesia Católica, a través del principio de inviolabilidad de los lugares de culto, y la Comunidad de Madrid, que tiene la competencia para proteger el lugar como patrimonio común de todos los madrileños.
